Процедура прохождения РКТ имеет свои противопоказания, связанные с влиянием ионизирующего излучения на организм. Абсолютных противопоказаний к обследованию при помощи аппарата КТ нет, и если польза от процедуры превышает потенциальный риск, то врач может рекомендовать РКТ. Не рекомендуется проходить РКТ следующим категориям пациентов:

• Пациентам с тяжелым общим состоянием.
• Беременным женщинам. Излучение может негативно воздействовать на плод, поэтому КТ делается пациенткам только по жизненным показаниям.
• Кормящим матерям. После КТ с введением контрастного вещества запрещается кормить ребенка грудью до 24 часов.
• Детям. Связано с потенциальным риском облучения.
• Больным с избыточной массой тела, превышающей возможности оборудования.
• Пациенты с миеломной болезнью (заболеванием крови — злокачественная опухоль из плазматических клеток преимущественно в костном мозге).
  
• Пациентам, страдающим выраженной почечной недостаточностью.

Так как во время РКТ пациент подвергается рентгеновскому излучению, сила которого равна совокупному числу фонового излучения, накопленного за пять лет, то повторная процедура проводится только через некоторое время.